Ну вижу смысла выносить конкретное поле (флаг) в отдельную таблицу. Потому что ничего хорошего это частное отделение не даст:
- фактор неожиданности у коллеги: с какого перепугу была необходимость отделения конкретного флага?
- дополнительная таблица, для которой нужен JOIN.
- дополнительный код
- дополнительные миграции и поддержка
На мой взгляд все эти настройки должны лежать в отдельной таблице product_settings, ну если уже в коде везде product, а не project. Так как по сути это настройки, а не прямая информация о продукте.
Если уж отделять метаданные и настройки, так все сразу, а не ради одного флага. Тогда есть смысл в рефакторинге и приведении порядка.