Давид

Во-первых, почему выдергиваете записи именно по 50 000? Чувстую цифра стоит рандомная.

Короче супер оптимизация, прирост в разы гарантирую - достаете все записи из бд, собираете временную хешмапу, при этом убираете лишние orderBy, которые вам не нужны

$map = [];
DB::table('resources')->select('hash')->chunk(50000,
            function ($resources) {
                    $map[$resource->hash] = $resource; // сюда можнок класть только действительно необходимые данные, чтобы память не засрать
                }
            });

потом пробегаетесь по всему файлу

while (!feof($file)) {
                    $line = iconv('cp1251', 'utf-8', fgets($file));
                    $csv = str_getcsv($line, ';');

                    if (count($csv) === 6) {
                        $ipPool = explode('|', $csv[0]);
                        foreach ($ipPool as $ip) {
                            $date = new \DateTime($csv[5]);
                            $hash = md5($csv[1] . $csv[2]);
                            
                            if (isset($map[$hash]) {
                                // запись существует, делаете апдейт
                            } else {
                                // записи нет, добавляете в свою таблицу
                            }
                        }
                    }

Только представим, что у ваc идеальная хеш-функция без коллизий...