Могу посоветовать вот что:
Сделать таблицу «пользователь»-«запись»-«время последнего просмотра».
Когда пользователь заходит в запись, устанавливается текущее время.
Чтобы получить число новых комментариев, делается запрос: «если дата комментария больше даты последнего просмотра». И т.д.
Число новых комментариев из всех записей берется так же.