В linux исполнимость файлов определяется специальным атрибутом который файловая система должна поддерживать. NTFS этот атрибут не поддерживает, так как создавалась для операционных систем которые исполнимость файла определяют по окончанию имени файла после точки.
Если нужно запускать двоичные программы для linux, то лучше не использовать NTFS. Если программы являются сценариями на интерпретируемых языках, например bash то можно запускать их через него, например bash program. Если требуется исполнять windows программы, то следует запускать их через wine, типа wine program.exe
