А зачем на hover вешать загрузку всего скрипта?
1. В любом случае скрипт должен грузится только 1 раз на страницу.
2. После построения (и ещё раз после перестроения) списка картинок на аяксе должна быть ещё раз вызвана ф-ция иницииализации. Для этого нужно посмотреть в исходники. Если не ошибаюсь, то вот эта:
$('.cloud-zoom, .cloud-zoom-gallery').CloudZoom();
