Может это не то, но хоть идею подкину.
Было у меня что-то похожее при скачивании видео флешем. У меня тоже плесало вокруг 40кб. Выяснил, что если файл короче, то сервер посылает HTTP-заговловок Content-Length. А если длинее, то заголовка нет. Виновником был mod_deflate который жал отдаваемые файлы на лету. Если файл был меньше чем, кеш, то сервер сперва сжимал и мог показать правильный размер.
Попробуйте откатить Apache. Если поможет, то фаербагом досканально сравнивайте ответ.