Sphinx — open-source, соответственно любые нюансы, которые вас интересуют, вы можете посмотреть напрямую в исходниках:
code.google.com/p/sphinxsearch/source/browse
Internal index format вроде как раз то, что вам надо:
code.google.com/p/sphinxsearch/source/browse/trunk/doc/internals-index-format.txt 
