Вы можете создать отдельный сервис для генерации id, а ваши приложения будут к нему обращаться. Что-то наподобие twitter-snowflake.
Для .net есть библиотеки для генерации ключей, останется только обернуть их например в rest-service.
https://www.nuget.org/packages/IdGen/2.0.0-rc
https://www.nuget.org/packages/RustFlakes/ 