Про паскаль утверждать не буду, но что-то подсказывает, что отсчет ведется в основном потоке программы и блокирует GUI, что при кликах в окошке и является в терминах Windows "неотвечающей" программой. Выносите счетчик в отдельный поток (thread) и будет вам счастье. А мою правоту можете проверить уменьшением счетчика до 5 секунд - через 5 секунд программа начнет отвечать даже с вашим кодом.
