Если вы используете формат CommerceML для обмена, то делайте, как он описывает: передавайте аттрибут СодержитТолькоИзменения для нужных позиций и научите свой скрипт импорта правильно переваривать такой XML.
Если ваш формат обмена совсем кастомный, то можно сделать примерно так же: на стороне 1С следить за изменениями полей (это будет эталонная БД), выгружать только измененные (цены, например).
Другого варианта просто не существует.