Начнем с того, чем вообще занимается сервер в целом? Что самое важное?
Кстати, не совсем корректно звучит «Проблема в том, что по-умолчанию файлы mysql хранятся в /var/lib, а значит на системном диске.»
/var может реально находиться в корне, а /var/lib — может быть примонтирован вообще куда угодно. Еще при установке системы надо разбивать разделы и точки монтирования с расчетом на предполагаемую функциональность сервера.
Если его основная задача — это MySQL.
То соответственно все файлы должны лежать в надежном и «быстром» месте. Конечно лучше если — это отдельная фс, на отдельном физическом носителе (лучше рейд). От сюда и плясать дальше.
