1. Тебе нужно юридически договориться (заключить договор, получить аккаунт) в каждой из интересующих тебя систем.
2. После чего (а может быть и заранее) ты получишь описание их API, примеры, и ключи доступа.
3. После чего технически все легко, если ты программист настоящий, а не вышел погулять просто.
4. С вебманями и т.п. - это легко. И даже договор можно заключать не в письменной форме, а онлайн.
5. С Visa/Mastercard - тоже несложно. Только если твой оборот менее нескольких сотен миллионов долларов - никто с тобой и разговаривать не будет.
6. Исходя из пункта 5, целесообразно все же через посредников. Посредники первой линии - это платежные системы Cyberplat, Payonline и т.п.