как один из вариантов решения:
1. Удаляем записи которых нет в новом массиве:
DELETE FROM tablename WHERE login NOT IN ( 'login1', 'login2', 'login3');
2. Добавляем изменяем данные:
INSERT INTO tablename (login, password) VALUES ('login4', 'password4'), ('login5' , 'password5'), ON DUPLICATE KEY UPDATE password=values(password)
