Я конечно не имел много опыта с машинным обучением, однако возникают вопросы относительно кода. Например, что за число:
file.readlines()[1:2001]
И так несколько цифр с непонятным назначением.
Попробуйте заменить магические числа на человекочитаемые переменные. Это поможет понять код, а возможно, и определить проблему.
Также, круто, если предоставите исходные данные и код, чтобы была возможность не гадать по кусочкам (либо функциональный кусок того, что работает) и описать ожидаемый результат.