Нужно разделять БД на части: структура, служебные данные и рабочие данные. Структура мигрирует - в нее входят схема, таблицы, ключи и все такое. Служебные данные - например данные таблицы со статусами какими-то, может мигрировать, но тут нужно быть аккуратным(эти данные в нормальном режиме статические и необходимы для работы кода). А остальные данные - то есть пользователи там, посты, товары - это все не мегрируется. Их целостность лежит на других механизмах - например бекапы.