Constantine

В чему суть процедуры, которая будет только INSERT делать?

А почему именно с помощью SQL, а не php или python?

Список индексов приложите.
Включен лог медленных запросов? Если да, то что в нем?
Настройки базы?

$sql = file_get_contents(__DIR__ . '/dump.sql');
и читать
https://secure.php.net/manual/ru/mysqli.multi-query.php

Order by, Group by работают через filesort, а это тормоза.
Проведите денормализацию бд.

Кстати, explain extended, показывает чуть больше инфы.

https://habrahabr.ru/post/282333/ кратко и по делу
Не давно столкнулся с двумя проектами на битриксе. Либо сам фрейм заставляет говнокодить, либо прогеры не далекого ума. Разбирался с матюками. И все что в посте поддерживаю. Не стоит туда лезть без особой надобности.