Никакие лимиты не ставьте. Все зависит от правильной настройки вебсерверов ну и естественно кодов. А еще причиной может стать атака SYN, геты посты по php особенно если у вас стоит apache2.
В общем причин может быть много. Проверьте логи апач или nginx , проверяйте логи соединений командой netstat, или командой top.
В прочем если хотите могу помочь.
