1. Какая версия munin используется? Если вторая, то можно настроить динамическую выдачу графиков через
cgi. Тогда можно будет выбирать статистику за любой период времени.
2. Изменить интервал можно через настройки cron (/etc/cron.d/munin). А насколько это отразится на нагрузке — посмотрите потом по графикам munin. Он умеет измерять свою собственную производительность.