Не очень понятна задача. Это независимые клетки или многоклеточный организм? На каком уровне должно осуществляться моделирование?
В полном объеме такой проект потянет на докторскую.
Если моделируются отдельные клетки, то самое главное, что надо учесть, это что есть дискретный надом признаков, который передается по наследству, и мутации влияют на степень проявление конкретного признака (например способность питаться не глюкозой, а каким-нибудь малатом). Интересно, но очень сложно, смоделировать регуляцию - когда признаком является степень зависимости проявления других признаков от внешней среды. Еще потредуется модель, оцениваюшая успешность этой клетки в зависимости от набора генов-признаков (должна ли она учитывать влияние других клеток? является ли успехом помощь сестринским клеткам?).
Если эти клетки могут размножаться половым путем, то у каждой клетки надо моделировать два набора генов, отвественный за каждый признак, и как-то друг с другом взаимодействующих (рецесивный-доменантный или что-то более сложное). Дочерняя клетка должна получить по одному признаку из каждой пары от каждого из родителей (эта модель тоже может быть сложной - например "соседние признаки", гены которых расположены на одной хромосоме, с большей вероятностью перейдут от одного родителя вместе).
К мноrклеточным скорее всего надо подходить с другой стороны. У Александра Маркова есть программа моделирования, где для клетки пишется скрипт, который решает когда ей делиться, когда рости, когда посылать сигналы соседним клеткам, когда приклеиваться к ним, когда отделяться. Сами клетки моделировались упругими шариками.