postya

Я использовал Inno Setup. в папке Release/bin есть файл ToolkitsNew.exe.config в нем хранятся станлдартные настройки Visua Studio. Файл с пользовательскими настройками программы хранился в на компьютере в другом месте: Username/AppData/Local/Toolkits/../user.config я скопировал эти настройки из этого файла и вставил их в файл ToolkitsNew.exe.config, затем добавил этот файл вместе со всеми папками(images, fonts, etc..) в инсталятор Inno Setup и псоле установки программы все заработало!

Всё оказалось значительно проще)

в xaml второго окна есть специальный метод при изменении текста:

<TextBox x:Name="CategoryText"    
 TextChanged="ChangeText"
 Style="{StaticResource CategoryTextBox}" />

в коде этого второго окна прописал этот метод:

public partial class FontWindow : Window
    {
         private MainWindow window;

        public FontWindow(MainWindow mainWindow)
        {
            InitializeComponent();
            window = mainWindow;
            
        }

       private void ChangeText(object sender, TextChangedEventArgs e)
        {
            TextBox tb = sender as TextBox;
                window.CategoryLabel1.Content = tb.Text;
        }
}

JavaFX я изначально выбирал потому как Java мой первый язык и я на тот момент понятия не имел о существовании С# и WPF. Видимо я изначально не правильно выбрал технологии для написания десктоп программы под Windows. Пойду изучать C# =)
Благо время есть для этого дела.Всем спасибо за комментарии)