Полина Титова

когда я пытаюсь получить список городов с этими пользователями, у меня отпадают города в которых нет вообще пользователей

они и будут отпадать, так как запрашиваете список с определённым пользователем)
можно добавить ещё одно условие, или убрать условие deleted: false

const getWorkersByCities = await City.findAll({
  attributes: ['id', 'cityName'],
    include: [{
      model: Worker,
        as: 'worker',
          where: {
            [Op.or]: [
              { deleted: false },
              { worker: [] }
            ]
          }
          attributes: ['id', 'name'],
        }],
      });