плюс JDBC — производительность, можно делать сложные запросы и прочее.
минус — придется больше писать ручками. Всё-равно данные нужно будет помещать объекты, не массивами же их хранить.
если у вас запросы простые, то JPA вам поможет экономить время и код. Это удобно. Но в ущерб иногда скорости и гибкости.
Так же стоит задуматься о том, как вставлять данные. какой их объем? сколько потоков будет читать/писать?
