Я бы использовал для дополнительных сайтов поддомены. Например: shop.example.com, html.example.com.
А основной сайт на example.com .
Также не нужно размещать сайты в подкаталогах из соображения безопасности. Все сайты в отдельных каталогах.
Насчёт данных пользователя:
Т.к. основной сайт на WP, то на всех остальных используйте способ авторизации и регистрации именно WP и именно основного сайта.
А если нужно по простому, то используйте мультисайт от WordPress.