Дмитрий

делайте BATCH INSERT через PHP CLI

А зачем вам в MAMP настраивать MySQL? Ведь сам MAMP содержит внутри себя PHP, NGINX, MySQL (насколько я помню).
Подключайтесь из PHP напрямую на удаленный сервер под теми же данными, которые вы используете в SequelPRO.

MySQL из MAMP тут лишнее звено

Это разные вещи. С моей точки зрения ReadBean крайне плохо спроектирован и лучше использовать PDO, если вы не используете фреймворк.

1. Начните с проверки подключения
2. Не пишите в таком стиле. Используйте prepared statement и PDO

У вас вот здесь:
$ids = R::getAssoc('SELECT id FROM videos');

Происходит выборка всех идентификаторов! Скорее всего у вас нет понимания того, что вы пишите. Ведь затем:

$videos = R::find( 'videos', 'id = ?', $ids );
    R::trash( $videos );

Вы удаляете все видео.
Вам первый запрос нужно переписать с учетом какого-то условия WHERE, например:

$ids = R::getAssoc('SELECT id FROM videos WHERE id = ?');

А почему бы просто не сделать удаление одним SQL запросом?
DELETE FROM videos WHERE id = ?