если доступ к бекапам по самбе (расшаренные попки виндовс) сделать ридонли, то не залезет. ну исключая кучу дырья в самой самбе.
выковырять пароль к фтп из конфига вашего бекапера (кобиан предположу) надо еще уметь, поддержки такого в вирусах я не видел. так что влезть по фтп на сервер в режиме редактирования файлов тож наврдяли.
от системы оба протокола не зависят. можешь поменять линукс на винду, но зачем ?? линукс, не поймает вирусню с винды, не запустится оно, вирусов под линь неимоверно меньше.
на фтп бочку катить не надо - проверенный десятилетиями протокол. куча серъезных серверов до сих пор поддерживают раздачу файлов по фтп.
единственный минус - так шифрацию нормально и не прикрутили, ftp+ssl/tls сделали, но чегой-то не сильно он распространен.
для локальной сети, в которой наврядли кто будет покушаться на трафик, хватит за глаза.