Eсли приложение больше чем один эндпоинт на одну табличку в БД, и жить ему больше чем квартал - надо брать нормальный корпоративный фреймворк, с нормальной ORM, в вашем стеке это Nest + TypeORM.
PS: Я вообще не понимаю людей, которые в 2020 году что-то пишут на голом express/fastify (или называют эти либы - фреймворками). Такое ощущение, что у них после старта очередного проекта всплывает табличка "поздравляю, вы сэкономили 15 минут на развёртывании, вы - восхитительны!"
