Если загрузка war файла происходит через web (из приложения manager), то вероятнее всего дело в ограничении на максимальный объем war файла, который по умолчанию 50MB. Поменять можно в этом файле: webapps/manager/WEB-INF/web.xml в разделе . Ну или деплоить путем копирования war в папку webapps.