Выносить код в отдельную dll имеет смысл только если нужно запускать несколько экземпляров вашей программы, либо в dll можно вынести какой-то специфичный код, который зависит от типа Операционной системы или других факторов (нп. создание тестовой библиотеки и полноценной)
Про разбиение одного файла на несколько - тут
@KOLANICH верно описал. Добавлю, что в заголовочные файлы (.h) желательно не размещать ничего, кроме определения типов и классов, а также описания сигнатур функций: т.е. ни глобальных переменных, ни тел реализаций функций тут быть не должно, в общем - ни какой логики.
А также стараться поменьше включать заголовочные файлы друг в друга - потом на грабли с очерёдностью компиляции наткнётесь.
