pel

> RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/$? нужно для того, чтобы не было циклического перенаправления

У меня без этого нормально работает, не циклится. После первого перенаправления браузер обращается уже к существующему файлу и, соответственно, правило RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f уже не отработает.

У меня Apache 2.0. Возможно, действительно, в первом и это по-другому работает. К сожалению, самому проверить негде.

RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[a-zA-Z]+\ ([^\ ]+)\ HTTP/
RewriteRule .* index.php?q=%1 [L]

Скажите, зачем вам здесь RewriteCond, если в переменную q надо передать просто всё, что в строке запроса? И что это за пробелы (подчеркнуто: "… Z]+\ ([^\ ]+ ...")? Возможно, парсер зажевал.

Попробуйте оставить такую регулярку:

RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [QSA, L]

Либо, если смотреть ваш коммент к предыдущему ответу, то там не хватает:

RewriteEngine on
RewriteBase / 
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [QSA,L]

Попробуйте по логам mod_rewrite'a отследить, что как отрабатывает
google://mod_rewrite logging

А если в папку uploads положить отдельный .htaccess с правилом
RewriteRule ^(.*)$ /watermark.php?p=tl&q=100&src=wp-content/uploads/$1
?

Положить в эту папку свой .htaccess с содержимым
RewriteEngine off