у Вас я так понимаю выгружается index.php, до кучи с подключенными файлами, т.е. целиком вообще все.
я так понимаю у Вас стоит директива DirectoryIndex /index.php правильно?
если да, то так и будет - выгружаться все вкуче. сделайте доступными по методу GET в htaccess доступные url для запросов именно к файлам, которые хотите по отдельности подключить, чтобы выгружать отдельно то что находится в файлах в других/текущей директории.
Если изобретать отдельно проверки - то проще скинуть в папку отдельную то что хотите подключить
