Контролировать нагрузку через панельку ISPmanager толком не получится. Залогинься на VDS через ssh и там уже смотри список процессов через команду top. Но уже на первый взгляд, средняя загрузка демонстрирует 300-процентную нагрузку на процессор - именно из-за этого скорее всего перезагружается VDSка, а не из-за загрузки ОЗУ. Тебе нужно подумать или о переезде проекта на более мощный VDS / выделенный сервер, или всерьез заняться оптимизацией работы MySQL и PHP-скриптов. Если это движок типа Joomla, то там нужно, где только возможно, включить кэширование запросов к БД.
Также есть некая вероятность, что твой сайт подвергается DDoS атаке, смотри сколько у тебя подключений к серверу этой командой:
netstat -ntu | awk '{print $5}' | grep -vE "(Address|servers|127.0.0.1)" | cut -d: -f1 | sort | uniq -c | sort -n| sed 's/^[ \t]*//'
