Как вариант, создание таблицы, в которую будет заноситься id пользователя, id поста, количество комментариев и дата последнего доступа к посту.
Имея такую структуру всегда можно получить список просмотренного, выбрать посты по id из этого списка и сравнить, в каких из них изменилось количество комментариев. Итого два запроса. Также при выводе постов можно получать список «просмотренного», сравнивать количество и помечать посты с новыми комментариями.
Можно ускорить используя вместо базы какое-нибудь key-value хранилище.