У нас в учреждении ДубльГИС обновляется на сервере под WINE'ом (раз в месяц, ночью).
Директория в которой находятся файлы этой программы ("...Program files\2gis") доступна в режиме read-only через samba. У пользователей создан ярлык на рабочем столе ("\\srvname\2gis\3.0\grym.exe").
Если пропускная способность Вашей сети не позволяет запускать файлы напрямую с сервера, можете написать скрипт (*.bat, *.cmd, что-то свое), который будет копировать всё содержимое в локальный каталог (например):
cp \\srvname\2gis C:\somefolder\
*за правильность синтаксиса не отвечаю.
У нас просто пользователи сидят с ограниченными правами и не могут записывать что-либо в те каталоги, из которых разрешен запуск.