Dmitry Tallmange

mysql_fetch_array

Очевидно, Вам нужна репликация

Для этого есть NoSQL, например mongodb. Делать из этого реляционную модель я бы не стал.

Давно и долго изучаю данный вопрос, дело не в виртуалке вовсе. Беда любых современных гипервизоров, несущих на себе более одной виртуалки, в совместном доступе к диску. Каков ваш load average на гипервизоре? Наверняка, виртуалка с MySQL не одна?

Я бы сделал так:
./configure --prefix=/opt/mysql-50
make
make install

ORM, Doctrine?