1) "Противоречащих" индексов не будет. Возможны, например, избыточные.
{'name': 1, 'age': -1}
и
{'name': -1, 'age': -1}
это два
разных индекса.
О тонкостях работы оптимизатора запросов я не скажу, но монга, уверен, достаточно умна, чтобы использовать именно тот индекс, который нужен в настоящий момент. Вот
здесь великолепно расписано как монга анализирует запросы.
2) Разумеется да. Если мы составляем индекс
name, age
то именно в таком порядке мы должны подавать элементы в запросе, в противном случае индекс будет бесполезен.
3) Если я правильно понял вопрос, индекс и нужен именно для
поиска и
сортировки.