Делаете три раздела на диске: 1) swap (8GB), 2) boot (512M), 3) system (оставшееся место).
Весь system шифруете, на его базе поднимаете lvm. Создаете том, который будет хранить ваш rootfs.
От свопа полностью отказываться не рекомендую.
Давно и долго изучаю данный вопрос, дело не в виртуалке вовсе. Беда любых современных гипервизоров, несущих на себе более одной виртуалки, в совместном доступе к диску. Каков ваш load average на гипервизоре? Наверняка, виртуалка с MySQL не одна?
