Можно запретить публичный доступ и отдавать подписанные ссылки на файлы — через нное время (задается подписью) доступ будет невозможен.
Ключевое слово — amazon s3 signed url.
к примеру, вот обсуждается реализация этой фичи для .net
forums.aws.amazon.com/message.jspa?messageID=136452