При установке выбираете manual partition, выбираете sda3 как точку монтирования для / (root), указываете, что нужно форматировать данный раздел. Другие разделы можете не трогать, а можете примонтировать куда-нибудь в /mnt (например, sda4 в /mnt/data/). Просто не нужно менять файловую систему раздела или форматировать раздел, и всё будет в порядке :)
У меня дружно сосуществуют win, mint, kali и общий раздел с данными, так что проблем быть не должно. Хотя в любом случае данные лучше забэкапить. Если нет внешнего харда, лучше в облако на mega или mail.
