Я, практически всегда, никакую не использую, пользуюсь консолью. Очень редко, использую gitg или sourcetree когда надо разобраться с деревом или когда, кто-то налажал и надо понять что к чему.
Большинство программ покрывают стандартные требования. С другой стороны очень многие ide и редакторы имеют встроенный терминал или поддержку гита, так что необходимости в сторонних программах практически нет. Запомнить 5-10 основных команд - не составляет проблем.
