текст заключенный в кавычки `` выполняется и результат возвращается в переменную (
php.net), т.е. это тоже самое, если бы ты выполнил это выражение в командной строке и потом работал с результатом:
cat /tmp/thread = читает файл и перенаправляет текст дальше
grep "var ipb_md5_check" = ищет все строки в которые входит подстрока, и перенаправляет дальше
cut -d '"' -f 2 = обрезает что-то, это и будет результатом, который должен попасть в переменную