Как вариант юзать LUKS он нативен, вполне шустр, стабилен.
Второй вариант шарить блочное устройство по iscsi и уже в винде шифровать нативными средствами.
использую для синхронизации spider oak
покупаю один ак на 200 гб и ставлю с этим аком на все компы(у них это разрешено), в целом бекапит нормально и только изменения.
купон spring возможно большими буквами дает скидку 25 процентов