Небольшое уточнение -- до 3.0 (2.8) блокировка была на уровне БД, а не коллекции. В новой версии блокировки зависят от используемого storage engine. Совместимый со старыми версиям на уровне файлов storage engine MMAPv1 теперь поддерживает блокировки на уровне коллекций, а новый storage engine WiredTiger поддерживает блокировку на уровне документов (на самом деле не совсем документов, а записей но в общем можно и так сказать).