Если вам нужно случайное значение длиной 64 бит, основанное на md5 — попробуйте xor первой половины хэша со второй. Но это (насколько я понимаю) практически ничем не отличается от просто половины хэша, т. к. количество возможных значений одинаковое.
Если вам нужен 64-битный хэш — ищите другой хэш.
