Безопасность о которой вы упомянули должна быть соблюдена в любом случае, даже если у вас всё на одном сервере крутится. Я бы реализовал следующим образом.
1-й сервер оставил с базами сайтов, а 2-й реализовал под бэкапы (или под репликацию ваших баз данных: master/slave). Так будет надёжнее. Поймите, пока у вас на сайте нет 100К посетителей в сутки это будет только тормозить загрузку сайтов (отдачу контента).
