Роман Огарков

Разобрался сам =)

define([
	'angular',
	'app/app',
	'app/controllers/module',
	'angularMocks'
	], 
	function (angular, app, controllers) {
		describe('app', function() {
			var scope, ctrl, httpBackend;

			beforeEach(module('app.controllers'));

			beforeEach(inject(function (_$httpBackend_, $rootScope, $controller) {
				httpBackend = _$httpBackend_;

				httpBackend.when('GET', '../../../DB/options.json').respond(['Hello world!']);

				scope = $rootScope.$new();

				ctrl = $controller('topMenuCtrl', {
					$scope: scope
				});
			}));

			it('list', function() {
				expect(scope.list).toEqual([]);
			});
		});
	});

Во первых затупил с названием контроллера, не TopMenuCtrl, a topMenuCtrl. Во вторых надо передать кроме модуля app ещё и модуль controllers. После чего обращаемся к нему так
beforeEach(module('app.controllers'));