коротко из комментов:
в чём оказалась проблема:
express слушал на [::1]:5129, nginx спрашивал 127.0.0.1:5129
способы решить:
1. сменить host в app.listen на 127.0.0.1 или 0.0.0.0
2. сменить адрес в proxy_pass в конфиге сайта nginx на [::1] или ip6-localhost (если есть в /etc/hosts)