o5a

Так Вы всегда только первую строку и выбираете своим fetchone
one_result = cursor.fetchone()
Поэтому там только id 1.

И вообще не нужно вручную поле id проставлять, если оно объявлено INTEGER PRIMARY KEY, то будет увеличиваться автоматически.
https://sqlite.org/autoinc.html

Если в этой таблице заказов товар повторяется и задача в том, чтобы суммировать итог по товару, то это может делать сам SQL.
Допустим, таблица orders с полями
"item" - товар
"quantity" - кол-во
"amount" - сумма по этой позиции
То запрос будет выглядеть примерно так

SELECT item, SUM(quantity), SUM(amount) FROM orders GROUP BY item

Он выведет суммарное кол-во и стоимость по каждому отдельному товару.

SQL запрос без явной сортировки, вроде этого 'SELECT * FROM users_id', не гарантирует упорядоченность результатов (user_id 1 может идти не первым), так что пытаться по нему определять какие-то упорядоченные id неправильно. Да и в целом не особо понятно без пояснений, что предполагалось сделать всеми этими манипуляциями наподобие
peremenna_user_id = peremenna_user_id + str(pe[1])

Если цель - выбрать пользователя по id, то нужно не городить перебор всех значений, а использовать синтаксис SQL, примерно так

cursor.execute('SELECT * FROM users_id WHERE user_id = ?', (user_id, ))

Если такого user_id нет в базе пользователей, то cursor.fetchone() вернет None.

У Вас в целом совершенно неправильный подход к использованию SQL базы данных. Почитайте хотя бы основы SQL. Не должно быть никаких отдельных таблиц под каждого пользователя. Таблицы создаются под сущности (например, пользователь, склад, продукт), id пользователя прописываются в полях.

Не могу сказать наверняка, не зная, откуда берется переменная y, но в самом update получается следующее.
Первым в списке полей, возвращаемом table_info очевидно идет поле ID. Первой же операцией update это поле сбрасывается в 0, т.к получается конструкция
UPDATE userResource SET ID = 0 WHERE ID = твой_ID
Из-за этого последующие апдейты других полей не срабатывают, т.к. записи с ID = твой_ID уже нет, ты ее затёр нулем.
Можно добавить проверку по имени поля, чтобы такого не случалось, наподобие

if i[1] != 'ID':
    cursor.execute('UPDATE ...

И выборку из pragma лучше все же сделать как и обычную, через fetchall

for i in cursor.execute(f"PRAGMA table_info(userResource)").fetchall():

Ошибку выдает потому, что запрос на вставку gender ('insert or ignore') пытается использовать ключи, а в таблице они не заданы.
Например, так

CREATE TABLE IF NOT EXISTS gender(gender text primary key)

В остальном по структуре. Если все же делаете реляционную модель, то в таблице студентов должны храниться id из этих справочных таблиц (groupp, teacher и т.д.), а не сами значения. Тогда это позволит поддерживать уникальность значений, позволять использовать выбор значений из справочников (которыми и будут эти таблицы gender, teacher и т.д.).

Пример, для учителя не просто таблица с teacher text, а таблица с ключевым полем, которое и используется для связки с таблицей студентов и остальными редактируемыми полями.

CREATE TABLE IF NOT EXISTS teacher(
            teacher integer primary key,
            teacher_name text)

Тогда по учителю можно будет добавлять и другие поля, характеризующие его, менять само имя(название/фамилию), при этом не нарушая связь по ключу с таблицей студентов. Выбор каждого поля для таблицы студентов будет выбором из текущих значений соответствующей справочной таблицы, а не ввод вручную.

Если же полноценная реляционная модель не нужна, то нет и смысла делать отдельную таблицу под каждую сущность (они по факту не будут использоваться), можно все хранить напрямую в таблице студентов.

Вместо

for i in cursor.execute("SELECT Wreason FROM users WHERE id = {}".format(member.id)).fetchone():
      if i == 0:
        print('4')
        cursor.execute("UPDATE users SET warns = warns + {1} WHERE id = {}".format(member.id))
        cursor.execute("UPDATE users SET Wreason = Wreason + {} WHERE id = {}".format(arg, member.id))

Использовать напрямую синтаксис SQL

cursor.execute("UPDATE users SET warns = warns + 1, Wreason = {} WHERE id = {} AND Wreason = 0".format(arg, member.id))

Обновит таблицу users по данному пользователю (увеличит счетчик предупреждений на 1, проставит новую причину предупреждения), если до этого Wreason = 0.

Проблема здесь

if sql.fetchone() is not None:
    pref = sql.fetchone()

вызов fetchone() полностью выбирает данные из курсора, в результате последующий вызов fetchone() возвращает null

Нужно сделать fetch в переменную, которую уже потом использовать:

pref = sql.fetchone()
if pref is not None:
    # использовать уже pref напрямую, а не sql.fetchone()

P.S. хотя я наверное не совсем понял проблему, похоже изначально данные даже не выбираются, так что проблема еще в чем-то. Но даже после этого, указанное выше надо исправить, иначе тоже данные не выдаст (но уже по указанной причине).

В исполнении UPDATE user_info в параметрах используется name[0], а должно быть просто name.