То, как именно БД следует разложить запрос на элементарные операции доступа к данным, решает т.н. Optimizer. Есть он и у MySQL. Ключевые слова mysql cost based optimizer.
У каждой БД optimizer свой, алгоритмы частично описаны в документации, и у них бывают входные параметры, доступные пользователю, например, т.н. "хинты" (hints) -- указания вида "по этой таблице ты сходи по такому-то индексу, а в этой читай все данные, да обязательно подряд". Ключевые слова mysql hints
