Valentin

основное это количество воркеров nginx и php-fpm
и настройки по использованию памяти ими. подробностей не помню, но все в обычных мануалах есть

попробуй сразу с nginx забирать. сразу поймешь.

location ~ /phpmyadmin/ {
deny all;
}

А ты пробовал выключить и снова включить?