Ваша программа, это не sh скрипт. И пара строк:
std::system("export myvar=1");
std::system("echo $myvar");
неожиданно выведут пустую строку. Нужно либо устанавливать переменную в том же вызове system(env LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH} path/to/app) или ручками менять переменные своей программы(getenv/setenv).